建設業法28条で「指示及び営業の停止」について定められていますが、条文ではやや難しいので、わかりやすく書き直しました。
あまり、この点について触れているサイトはないので、一度は読むことをオススメします。
許可権者による指示処分（28条１項）
国土交通大臣又は都道府県知事は、許可を受けた建設業者が次のいずれかに該当する場合においては、必要な指示をすることができる。
特定建設業者が勧告に従わない場合において必要があると認めるときも、同様。
①建設業者が建設工事を適切に施工しなかったために公衆に危害を及ぼしたとき、又は危害を及ぼすおそれが大であるとき
②建設業者が請負契約に関し不誠実な行為をしたとき
③建設業者（建設業者が法人であるときは、当該法人又はその役員等）又は政令で定める使用人がその業務に関し他の法令（入札契約適正化法及び履行確保法並びにこれらに基づく命令を除く。）に違反し、建設業者として不適当であると認められるとき
④建設業者が一括下請負の禁止の規定に違反したとき
⑤主任技術者又は監理技術者が工事の施工の管理について著しく不適当であり、かつ、その変更が公益上必要であると認められるとき
⑥建設業者が、建設業の許可を受けないで建設業を営む者と下請契約を締結したとき
⑦建設業者が、特定建設業者以外の建設業を営む者と下請代金の額が4,000万円（許可を受けようとする建設業が建築工事業である場合においては、6,000万円）以上となる下請契約を締結したとき
⑧建設業者が、情を知って、営業の停止を命ぜられている者又は営業を禁止されている者と当該停止され、又は禁止されている営業の範囲に係る下請契約を締結したとき
⑨その他建設業法の規定（一部を除く。）に違反したとき
⑩入札契約適正化法及び履行確保法の一部の規定に違反したとき
都道府県知事による建設業を営む者に対する指示処分（28条２項）
都道府県知事は、その管轄する区域内で建設工事を施工している建設業の許可を受けないで建設業を営む者が次のいずれかに該当する場合においては、当該建設業を営む者に対して、必要な指示をすることができる。
①建設工事を適切に施工しなかつたために公衆に危害を及ぼしたとき、又は危害を及ぼすおそれが大であるとき
②請負契約に関し著しく不誠実な行為をしたとき
許可権者による営業停止処分（28条３項）
国土交通大臣又は都道府県知事は、その許可を受けた建設業者が指示処分該当事由のいずれかに該当するとき若しくは指示処分に従わないとき又は建設業を営む者が指示処分事由のいずれかに該当するとき若しくは指示に従わないときは、その者に対し、１年以内の期間を定めて、その営業の全部又は一部の停止を命ずることができる
都道府県知事による建設業者に対する指示処分（28条４項）
都道府県知事は、国土交通大臣又は他の都道府県知事の許可を受けた建設業者で当該都道府県の区域内において営業を行うものが、当該都道府県の区域内における営業に関し、指示処分事由のいずれかに該当する場合等においては、当該建設業者に対して、必要な指示をすることができる。
※ 都道府県知事は、指示する処分をしたときは、遅滞なく、その旨を、当該建設業者が国土交通大臣の許可を受けたものであるときは国土交通大臣に報告し、当該建設業者が他の都道府県知事の許可を受けたものであるときは当該他の都道府県知事に通知しなければならない（同条６項）。
都道府県知事による建設業者に対する営業停止処分（28条５項）
都道府県知事は、国土交通大臣又は他の都道府県知事の許可を受けた建設業者で当該都道府県の区域内において営業を行うものが、当該都道府県の区域内における営業に関し、指示処分事由のいずれかに該当するとき又は指示処分に従わないときは、その者に対し、１年以内の期間を定めて、当該営業の全部又は一部の停止を命ずることができる。
※ 都道府県知事は、営業停止処分をしたときは、遅滞なく、その旨を、当該建設業者が国土交通大臣の許可を受けたものであるときは国土交通大臣に報告し、当該建設業者が他の都道府県知事の許可を受けたものであるときは当該他の都道府県知事に通知しなければならない（同条６項）。
注文者に対する勧告（28条７項）
国土交通大臣又は都道府県知事は、建設業者又は建設業の許可を受けないで建設業を営む者に対して指示処分をする場合において、特に必要があると認めるときは、注文者に対しても、適当な措置をとるべきことを勧告することができる。